巨无霸是一支由机器野兽组成的凶猛队伍，他们由汽车人进化而来，肩负保卫家园免受邪恶威震天侵害的任务。第一季讲述了巨无霸在他们的家园赛博坦星球上由昏迷转醒，却发现自己被威震天创造的无意识武装兽和新一代变形金刚追捕。巨无霸被迫进入地下，他们的野兽和机器人身体发生了奇怪的变化。巨无霸必须解放赛博坦星球，恢复其原本的有机生命形式。在这一季中，擎天柱、黄豹和黑寡妇等角色经历了重重挑战，逐步掌握了新的身体形态，并与威震天展开激烈对抗，试图拯救他们的星球。巨无霸们逐渐了解了他们新的变形能力的优势，开始团结起来推翻威震天的邪恶统治，解放自己的星球。他们最终击败了威震天和他的军队。这一切体现了未来的种子深埋在过去当中，要寻求平衡，改变命运，并且超越。

《Beast Machines: Transformers》第一季讲述了Maximals在他们的家园赛博坦星球上醒来，却发现自己被Megatron创造的无意识Vehicons追捕。Maximals必须解放赛博坦星球，恢复其原本的有机生命形式。在这一季中，Optimus Primal、Rattrap、Cheetor和Blackarachnia等角色经历了重重挑战，逐步掌握了新的身体形态，并与Megatron展开激烈对抗，试图拯救他们的星球。

《Beast Machines: Transformers》延续了前作《Beast Wars》的故事。Maximals在击败Predacons后返回Cybertron，却发现家园被Megatron统治，所有居民的火种（sparks）都被囚禁。Optimus Primal、Cheetor、Blackarachnia和Rattrap被迫变回兽形态，并失去了大部分记忆。他们在地下发现了Oracle超级计算机，获得了新的科技有机体形态。Maximals必须解放被囚禁的火种，揭开同伴Silverbolt和Rhinox的命运，并恢复Cybertron的有机生命。

这一季延续了前作的故事。所有变形金刚的火种都来自于矩阵，当他们死亡时，火种会回归矩阵，记忆也会伴随火种一起回归，矩阵会把这些记忆分解成数据进行分析，在分析中不断进行自我学习，最终实现系统的升级换代。擎天柱摧毁了他的世界，他必须在矩阵发生之前面对后果。巨无霸在击败巨狰狞后返回赛博坦星球，却发现所有居民的火种都被囚禁。擎天柱、黄豹和黑寡妇被迫变回兽形态，并失去了大部分记忆。他们在地下发现了核心电脑，那是一种超级计算机，从中可以获得新的科技有机体形态。巨无霸必须解放被囚禁的火种，帮助同伴银箭和犀牛解开自己的命运。而此时孤身一人的擎天柱面临着最意想不到的敌人，在发现了失踪的火花的位置后，巨无霸们争分夺秒地阻止威震天实现他的终极飞升。本作探讨了机械与有机、理性与感性等绝对问题的平衡，追寻协调发展与共生。

在巨无霸押送霸王龙返回塞伯坦时，霸王龙逃脱，率先抵达塞伯坦，并控制了塞伯坦，击落了巨无霸的飞船。霸王龙企图消灭所有有机形态的元素，在塞伯坦上散播病毒，抽取了所有变形金刚的火种，以纯净为无机化力量。黑猩猩率领小分队顽强抵抗，在圣贤电脑的指引下，激发了塞伯坦内部的有机能源，对抗霸王龙的机械化部队。最后，霸王龙成功收集所有火种并纯化自己，变得异常强大，并利用解码的西格玛项链钥匙想把整个星球无机化，黑猩猩为阻止霸王龙而与其同归于尽。塞伯坦转变为充满绿色的有机星球。